Habitan en los bosques tropicales húmedos (tierras bajas por debajo de los 600 msnm) desde el Sur de México hasta el Norte de Argentina. En Panamá, se encuentra en regiones montañosas del Caribe donde aún existen grandes cantidades de bosques.
Históricamente habían Águilas Harpías en Almirante (Bocas del Toro), Boquete (Chiriquí), Chilibre (Panamá), entre otros, pero hoy día su población se limita a los bosques del Parque Nacional Darién (Darién), Parque Nacional Chagres (Panamá), Comarca de Kuna Yala y al Bosque Protector de Palo Seco en Bocas del Toro.
Algunas veces pasa desapercibida a pesar de su gran tamaño, ya que es muy silenciosa. Los lugareños son los que tienen mas probabilidades de encontrarla, porque viven cerca de donde ellas habitan, siendo así la principal fuente de información de los biólogos y los mejores aliados para la conservación de esta especie.
Algunos estudios han señalado que el Águila Harpía es tolerante a los cambios que el hombre ocasiona en el paisaje (terrenos usados para la agricultura, ganadería y reforestación) siempre y cuando se conserve una considerable cantidad de bosque adyacente en donde pueda anidar y alimentarse de los animales que allí viven. De hecho, los nidos registrados en Darién proceden de la zona de amortiguamiento del Parque Nacional Darién, área donde actualmente se encuentran establecidas algunas comunidades.
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